Dentro del currículo académico de los Ciclos Formativos Superiores (CFS) se halla la asignatura “Formación en Centros de Trabajo” (FCT) que se realiza durante el segundo curso de cada ciclo formativo. Tras la superación de las asignaturas con un carácter más teórico, el alumno podrá cursar la FCT que consiste en poner en práctica en un contexto laboral, los conocimientos que se han adquirido en el Instituto. En estrecha colaboración con los tutores de cada ciclo, se tramita la ubicación de los alumnos, que están en condiciones de cursar su FCT, en las empresas colaboradoras. Para ello, el alumno es asignado a una de las más de quinientas empresas con las que el ISEP-CEU tiene firmados convenios de colaboración educativa.
La empresa es seleccionada en función de su capacidad para dar una formación de calidad, estrechamente relacionada con el ciclo formativo que el alumno está cursando; así mismo se tienen en cuenta otros criterios tales como la proximidad al domicilio del alumno y la disponibilidad horaria. El alumno deberá realizar en la empresa las horas de prácticas establecidas por la legislación educativa para cada ciclo formativo. Durante su estancia en la empresa, el alumno es asesorado tanto por un tutor de la propia empresa como por su tutor del ISEP-CEU. Ambos tutores establecen una comunicación continua acerca de la evolución del alumno en prácticas.